水井鉆機在運行的過程中需要有效的根據其路況場地等保持其重心的平衡，設備在施工場地上是禁止隨意鉆孔回填坑池要做好標志，水井鉆機傾斜路段需要有效的調節其設備的桅桿起落角度。
水井鉆機在進行維修時需要等冷卻后再進行動手，這樣可以在一定程度上有效的避免因為其高溫造成其人員的燙傷，設備的液壓系統需要泄壓后進行維修，這樣可以避免內蓄高壓而造成其危險。
水井鉆機的操作人員必須要經過其專門的培訓，經過其嚴格的考試后，并且有一定額工作經驗后方可持證上崗，其工作人員必須要掌握鉆鉆機的操作要領及全面的維護保養知識。
在裝運水井鉆機前，需要有效的進行其全面的檢查，設備中各部件需要齊全，設備的中電纜無漏點、鉆桿、鉆具等無損壞現象；設備的裝車要牢固，鉆機鉆塔要固定好。
水井鉆機在進入其施工現場后，其設備的鉆機鉆塔要固定好，鉆場面積要大于鉆機座，周圍要有足夠的安全空間，鉆孔時要嚴格按照孔位及方位、角度、孔深等施工，鉆機工不可以擅自改動。
水井鉆機在有效的使用其清水鉆進時，設備在開鉆前是不許供水，等水返回后才能給壓鉆進，這樣可以在一定程度上保證有自購的流量，不準鉆干孔，孔內巖粉多時，應加大水量延長開泵時間。