水井鉆機在使用的過程中不能忘記對設備進行維護以及保養，在使用的過程中需要隨時注意檢查其風力馬達的潤滑油的情況，水井鉆機需要注意檢查一下水汽管路以及鉆機各個配件的螺栓以及螺帽的牢固情況。
水井鉆機的工作面浸入水中的時候，在使用時開孔的時候需要用大直徑的釬頭，插入鉆桿，這樣就可以讓鉆桿露出出水面1-2米，可以有效額防止泥漿還有巖渣掉入孔內。
水井鉆機在進行鉆鑿作業的過程中不允許出現反轉避免鉆桿掉入孔內，設備在短時間內停止工作時，需要給予少量的壓氣，這樣可以避免泥沙浸入鉆機沖擊器的內部，要是長時間停止鉆機作業，需要有效的而降沖擊器提升距孔底1-2米處進行固定。
水井鉆機在工作的過程中需要注意其沖擊器的聲音以及減速箱運轉的情況，要是發現有不正常的聲音或者現象，需要立即停機以及進行檢查。
水井鉆機的鉆頭在鉆進結構以后，需要及時的更換其中心鉆具，在使用的過程中首先需要進行孔底的清洗，然后在將孔底的殘渣吹干凈，待鉆頭停止回轉后，再把設備中的鉆具進行慢慢的向上提起。
水井鉆機在使用的過程中需要仔細觀察其套管的跟進情況，及時的解決孔內具體情況，在必要的時候及時的保持孔內的清潔，設備的鉆頭在鉆機過程中禁止強力起拔。