在巖芯鉆機鉆進中常遇到孔內坍塌、掉塊以及產生不同程度的遇阻、卡鉆、埋鉆事故和鉆孔縮徑、超徑等情況，發生這些情況的地層統稱為不穩地層。不穩地層有力學不穩地層和水敏不穩地層。
對付這種地層，我們一開孔采用傳統的泥漿，調整稠度使其達到流塑狀態，然后用擅長輸送泥漿的螺桿泵給鉆孔送漿循環，來保證鉆孔施工，此護孔工藝基本上能完成該地層的護孔要求。
在采芯要求嚴格的卵礫層，用SM植物膠鉆進液，而且能取出膠結成柱狀的“巖芯”；對于地層深部的斷裂破碎帶，以少振動，快通過的原則，用性能優良的鉆井液快速通過。
對水敏地層，應該讓鉆井沖洗液具備這樣二個特點：一是失水量小，二是有相當的離子濃度，為此我們對鉆進該特殊孔段制定了相應對策，選用高效降失水劑和優質的絮凝劑，添加優異的無機鹽，基本上起到了“防水、護孔”的目的。
在復雜地層實施巖芯鉆機鉆孔時，應進行組織工藝設計，科學地組織施工。對于不穩地層，采用傳統泥漿與科學配方的化學沖洗液相結合的方法，進行護孔；對于涌漏地層，應側重傳統的泥漿和下套管隔離的護孔工藝。